Per Brahe den yngre föddes år 1602 på Rydboholms slott i Uppland. Hans far Abraham Brahe var yngste son till den förste Visingsborgsgreven Per Brahe den äldre. Modern var Elsa Gyllenstierna dotter till kanslern och riksdrotsen Nils Gyllenstierna. Hon födde tio barn varav åtta nådde vuxen ålder. Per var äldste sonen.

I början av 1620-talet företog Per Brahe d.y. två studieresor utomlands. Det var vanligt att unga adelsmän reste ut i Europa för att lyssna till den tidens mest lysande lärare i retorik, juridik, teologi och klassiska språk.

1626 fick Per Brahe anställning som kammarherre hos Gustav II Adolf och deltog även i kungens fälttåg i Preussen. Han utnämndes 1628 till överste för Smålands rytteriregemente.

även elever från hans egen skola på Visingsö för högre studier.

1641 utsågs Brahe genom lottning till riksdrots och tillträdde som president i Svea hovrätt. Vid drottning Kristinas tronavsägelse i Uppsala skulle Brahe, som varande riksdrots och den i rang högste tjänstemannen i riket, lyfta kronan av drottningens huvud vilket han vägrade göra. Då lyfte Kristina själv av sig kronan och räckte den till Per Brahe som var tvungen att ta emot den.

1657 var Per Brahe en tid högste befälhavare till lands och till sjöss i Karl X Gustavs krig mot Danmark. Efter freden 1658 förlänades han öarna Orust och Tjörn som belöning för sina krigsinsatser. Efter att kungen avlidit i lunginflammation 1660 deltog Per Brahe i riksstyret som medlem i Karl XI:s förmyndarregering.

Samma år gifte han sig med friherrinnan Christina Catharina Stenbock.

1633 ärvde Per Brahe grevskapet Visingsborg efter sin farbror Magnus Brahe. Han tillträdde

även godset Bogesund utanför Stockholm där han påbörjade uppförandet av Bogesunds slott.

1636 inrättade Per Brahe en skola på Visingsö. Den inrymdes i den medeltida kyrkan i byn Kumlaby. Året därpå utnämndes han till generalguvernör i Finland där han residerade på Åbo slott. 1640 grundade Per Brahe Åbo akademi, Finlands första universitet. Hit skickades